De época prerromana datan algunos hallazgos arqueológicos que atestiguan que algunos parajes de nuestro término, como Quintanarejos o Los Arenosos, conocieron poblamientos de sustrato ibérico, en torno a 2500-1250 a.C., destacando el hallazgo de tumbas con ricos ajuares funerarios de carácter militar.
Si bien lo que constituye hoy día nuestro casco urbano no fue elegido por ningún grupo humano hasta bien entrada la Edad Media para asentarse debido a la orografía de nuestro terreno y la escasez de agua potable, los romanos se vieron obligados a construir un puente a su paso sobre el río Rus, en el trazado que formaba parte de una vía que iba desde Laminium (Alhambra) a Saltigi (Chinchilla).
EDAD MEDIA
La fundación de San Clemente se remonta a mediados del siglo XIII, y se considera fundador a Clemente Pérez del Castillo, también llamado de Rus, primer noble que edificó una casa en el lugar.
A finales del siglo XIII el territorio al que pertenecía San Clemente, el señorío de Villena, pasa por herencia a pertenecer a Don Juan Manuel, infante de Castilla, que sería el primero y único en ostentar el título de Príncipe de Villena. Es en esta época cuando San Clemente aparece por primera vez en un documento histórico. Será en 1318 como sede de un importante pleito entre el alfoz de Alarcón y el de Alcaraz.En 1445 ocurre un hecho vital para la aldea sanclementina, Juan Pacheco, primer Marqués de Villena, nos concede el título de villa, con todos los privilegios que acarreaba el villazgo, apartándonos de la jurisdicción de Alarcón.
Cuando estalla la Guerra Civil Castellana a la muerte de Enrique IV, los sanclementinos se debatirán entre su juramento de lealtad a Juan Pacheco, defensor de Juana la Beltraneja, y su fidelidad natural a Isabel de Castilla, ganando la partida esta última. En recompensa a nuestra fidelidad, Isabel la Católica nos concedió el privilegio de un mercado franco a celebrar el jueves de cada semana, que aún se celebra, y nos eximió de la tutela de Pacheco, siendo San Clemente desde 1476 villa realenga y luciendo la corona real de Castilla en su escudo de armas. La reina Isabel en persona confirmó estos privilegios a su paso por la villa en 1488.EDAD MODERNA
En 1537 San Clemente sufrirá un importante revés económico-territorial cuando Carlos I conceda el título de villa a Vara de Rey, apartándola de la jurisdicción sanclementina junto con sus propias aldeas o caseríos, siendo Sisante, sin duda alguna, la que más nos dolió perder.En algún momento del siglo XVI San Clemente se convierte en la capital del Marquesado de Villena, convertido en corregimiento, alzándose vencedora ante las pretensiones de las dos ciudades que formaban parte del marquesado, Villena y Chinchilla, y soportando los envites de Albacete, superior en habitantes.
Durante el siglo XVI San Clemente alcanza su etapa de mayor esplendor, atrayendo a muchas familias nobles y a diversas órdenes religiosas a asentarse aquí.
Inmersos en plena Guerra de Sucesión, Felipe V instala en el edificio de la Real Audiencia de la villa su cuartel de artillería, que sirvió de apoyo en batallas como la de Almansa. En pago a los servicios prestados el monarca nos concedió el título de "Muy Noble, Muy Leal y Fidelísima Villa" en el año 1707.
El año 1769 está marcado por la expulsión de los jesuitas de los territorios de la Corona por Carlos III. Aunque los jesuitas abandonaron la villa, dejaron un legado que aún pervive: el surgimiento de Casas de Haro, Casas de Fernando Alonso y Casas de Los Pinos, bajo jurisdicción sanclementina hasta más allá de mediados del siglo XIX.
EDAD CONTEMPORÁNEA
Un acontecimiento trágico marcará el devenir de San Clemente en el siglo XIX, el acuartelamiento de las tropas napoleónicas en nuestra villa, dentro del marco de la Guerra de Independencia Española. Confluyen aquí más de 12000 hombres y 5000 caballos bajo el mando del Mariscal Moncey y el General Dupont, que debían ser alojados y alimentados por el humilde pueblo sanclementino, y que fueron protagonistas de numerosos saqueos, destrozos, incendios, violaciones y demás desmanes. Tras la marcha de los soldados franceses, los mismos que fueron vencidos en la batalla de Bailén, San Clemente quedó sumida en una profunda miseria de la que costó largos años salir.
Destacó en esta etapa por su valentía y bravura en la lucha, el comandante sanclementino Bibiano Hellín, héroe de la Guerra de Independencia.
Todos estos acontecimientos, y muchos más, han sido los que han forjado el carácter y la forma actual de la villa de San Clemente y de sus habitantes.